A causa pode ser uma lesão congênita (presente ao nascimento) ou adquirida no cérebro, decorrente de várias causas como por exemplo, batida forte na cabeça (geralmente com sangramento intracraniano), infecção (meningite, encefalite, neurocisticercose, etc), abuso de bebidas alcoólicas, de drogas, etc.
Às vezes, pode ser causada por algum problema que ocorreu antes ou durante o parto.
Malformações do cérebro tanto das estruturas cerebrais propriamente ditas quanto dos vasos sanguíneos no seu interior podem estar presentes desde a formação do feto nos primeiros meses de gestação e podem causar crises epilépticas em uma determinada época da vida.
Muitas vezes não é possível conhecer as causas que deram origem à epilepsia, nestes casos consideramos a epilepsia de causa desconhecida.